Raffles trat im Alter von 14 Jahren als Office Clerk in die Dienste der East India Company. Im Hauptbüro in London wurde man schnell auf ihn aufmerksam und sandte ihn 1805 als Assistant Secretary nach Penang. Eine Reise in den Fernen Osten war damals noch ein mehrmonatiges Unternehmen, und Raffles nutzte die Überfahrt zu einem intensiven Studium der malaiischen Sprache und Kultur. Schnell avancierte er zum anerkannten Spezialisten. 1808 war er bereits am Gerichtshof in Penang tätig, 1810 ging er nach Calcutta und wurde dort vom britischen Generalgouverneur zum Gouverneur von Java ernannt. Britische Truppen besetzten zu dieser Zeit die holländischen Kolonien in Asien, da Holland dem französischen Kaiserreich einverleibt worden war. Raffles versuchte in Java liberale Reformen durchzusetzen und beschäftigte sich intensiv mit Sprache und Kultur. Er gilt u. a. als Wiederentdecker der Tempelanlage von Borobudur in Zentral-Java. Seine größte wissenschaftliche Leistung ist das zweibändige Werk A History of Java, das für die damalige Zeit die umfangreichste Arbeit über Geschichte, Kultur, Ethnologie, Zoologie und Botanik der Insel war.

Bereits 1816 wurden die Kolonien an Holland zurückgegeben und Raffles nach Bencoolen (Sumatra) versetzt. Seine Versuche, neue Stützpunkte für den englischen Seehandel zu erwerben, unterstützte London nur halbherzig, sodass er zum Teil auf eigene Faust operierte. Am 29. Januar 1819 landete er mit dem britischen Residenten von Malacca, William Farquhar auf Singapore. Durch einen Vertrag mit dem Sultan von Johor, Hussein, konnte sein Traum von einem neuen Handelshafen verwirklicht werden. Schon am 6. Februar des gleichen Jahres wurde auf der Insel der Union Jack gehisst. Farquhar war zwar der erste britische Resident in Singapore, dennoch wird Raffles, dessen Planung und Initiative die Stadt ihre Entstehung verdankt, als Gründungsvater angesehen. Er selbst lebte noch wenige Jahre in Bencoolen, aber Krankheiten und ein unglückliches Familienschicksal zwangen ihn 1823 zur Rückkehr nach England, wo er 1826 starb.