Tropische Tieflandregenwälder erstrecken sich bis auf 1000–1200 m. Da das Hauptquartier bereits 1563 m hoch liegt, kann man z. B. in den fantastischen, tiefer gelegenen Dschungel rings um Poring fahren, um diese artenreiche Vegetationszone mit gewaltigen, bis 50 m hohen Baumriesen von bis zu 2 m Durchmesser kennenzulernen. In dieser Höhenstufe findet man die seltenen Rafflesien (S. ###) sowie das „Gold des Kinabalu“: Rothschilds Slipper-Orchidee. Diese schöne und begehrteste aller Orchideen blüht erst 15 Jahre nach der Keimung und bringt auf dem Schwarzmarkt bis zu US$5000. In Anlehnung an die ausgebreiteten Arme beim traditionellen Tanz nennen die Kadazan/Dusun sie auch Sumazau-Orchidee.
Tropischer Bergwald reicht bis in eine Höhe von 1200–2800 m und bedeckt den größten Teil des Nationalparks. In den unteren Lagen sind 40 Eichenarten anzutreffen, die bis zu 30 m Höhe und 1 m Durchmesser erreichen, aber auch Lorbeergewächse, Kastanien, Nadelbäume und Riesenfarne sowie die Hartholz liefernden Meranti-Bäume. Die Vegetation wird mit zunehmender Höhe niedriger und durch den stärkeren Lichteinfall am Boden dichter. Hier findet man Schmarotzerpflanzen (Epiphyten) und die Mehrheit der Orchideenarten.
Tropischer Nebelwald endet in einer Höhe von 3300 m und übt eine ganz eigene Faszination aus. Die niedrigen Wälder, häufig Nadelbäume, sind mit Flechten, Moosen und Orchideen bedeckt. Bambus, Rattan, Rhododendron und Büsche machen ein Vordringen abseits der Pfade fast unmöglich. In dieser Vegetationszone wachsen viele Kannenpflanzen (Nephentes), in den oberen Lagen überwiegen Sträucher, Moose und kleinblütige Orchideen.
Die Vegetation der daran anschließenden alpinen Zone beschränkt sich auf Flechten, Moose und vereinzelte Zwergsträucher. Das Gipfelplateau ist praktisch vegetationslos.
