Die Meeresflora und -fauna ist ein fragiles Ökosystem, das auch um Ko Tao massiv bedroht ist. Dem Ziel, die Insel mit ihrer einzigartigen Unterwasserwelt zu erhalten, hat sich die Organisation Save Koh Tao verschrieben. Sie wird von vielen Tauchschulen, Hotels und Geschäften auf Ko Tao tatkräftig oder mit Spendengeldern unterstützt. Gefördert werden verschiedenste Maßnahmen wie die Säuberung von Stränden und Riffen, aber auch aufwendigere Projekte wie das Anbringen von Bojen, um die Korallen vor den Ankern der Longtails und Tauchboote zu schützen. Die Aufzucht sogenannter Riesenmuscheln, deren Bestand drastisch gesunken ist, hilft die Wasserqualität zu verbessern. Jede ausgewachsene Muschel filtert 1000 l Meerwasser pro Tag. 400 „junge“ Muscheln werden aufgezogen, um sie dann an den Riffen auszusetzen. Ein weiteres Projekt ist das Riff-Monitoring: Dabei werden die Riffe und die darin vorkommenden Korallen- und Fischarten regelmäßig katalogisiert und die Daten mit der jeweiligen Wasserqualität verglichen, um langfristige positive und negative Entwicklungen erfassen zu können.

Ein weiteres großes Vorhaben im Golf von Thailand neben der Einzelaufzucht von Korallen ist das Biorock-Projekt. Stahlrahmenkuppeln, durch die schwacher Gleichstrom fließt, werden auf dem Meeresgrund verankert. Angebrachte Korallenreste wachsen an den Rahmen fest, vermehren sich und ziehen weitere Riffbewohner an. Eines dieser „neuen” Riffe wurde 2008 zwischen Sai Ri und Ko Nang Yuan installiert und trägt den Namen Hin Fai, Feuerfelsen. 

Einige Tauchschulen wie die New Heaven Dive School oder Black Tip Diving bieten spezielle Tauchkurse an, die einen ein- bis dreitägigen Einblick in die Meeresforschung, die Beobachtung, Kontrolle und Wiederherstellung von Riffen bieten. Wer sich länger engagieren will, kann dies in zwei- bis vierwöchiger Projektarbeit tun.